Pondok Pesantren Al-Ma’rifah berlokasi di Pejagan Asem Desa Kedung Bunder Kec. Gempol Kab. Cirebon, daerah ini merupakan daerah yang berdataran rendah dan kebanyakan penduduknya bercocok tanam dan kuli.

Pondok Pesantren Kebon Kelapa Al-Ma’rifah berdiri pada tahun 2005 di atas tanah seluas 16.958 m2, yang didirikan oleh seorang tokoh kyai muda yaitu Bapak KH. Syamsul Ma’arif, M.Pd.I.

Dan pada tahun 2006 seluruh kegiatan Pondok Pesantren dibuat dalam bentuk payung hukum dengan didirikannya YAYASAN PENDIDIKAN ISLAM KEBON KELAPA AL-MA’RIFAH. Tahun demi tahun Yayasan Pondok Pesantren Kebon Kelapa Al-Ma’rifah terus menerus meningkatkan mutu pendidikan, seiring dengan minat orang tua untuk menyekolahkan atau mendaftarkan putra-putrinya di Yayasan Pondok Pesantren Kebon Kelapa Al-Ma’rifah.

​